2000年合校之初，学校设立机关直属党总支，作为独立设置的处级机构，全面负责机关党的建设。2006年机关直属党总支与校工会合署办公，由校工会常务副主席兼任机关直属党总支书记。2010年11月，中南大党字[2010]76号《关于部分二级机构设置调整的通知》，撤销机关党总支，成立机关党委，由校党委副书记兼任机关党委书记，配专职常务副书记、副书记各一名。2012年，机关党委与学校党委办公室、学校办公室合署办公，由校党委副书记兼任机关党委书记，党办校办主任兼任常务副书记。2019年6月，根据中南大党字〔2019〕23号《关于调整有关二级机构和岗位设置的通知》，机关党委不再与党委办公室、学校办公室合署办公，设专职书记（正处职）一名；2023年5月，设专职副书记、纪委书记（副处职）一名，下属24个党支部。