2000年合校之初,学校设立机关直属党总支,作为独立设置的处级机构,全面负责机关党的建设。2006年机关直属党总支与校工会合署办公,由校工会常务副主席兼任机关直属党总支书记。2010年11月,中南大党字[2010]76号《关于部分二级机构设置调整的通知》,撤销机关党总支,成立机关党委,由校党委副书记兼任机关党委书记,配专职常务副书记、副书记各一名。2012年,机关党委与学校党委办公室、学校办公室合署办公,由校党委副书记兼任机关党委书记,党办校办主任兼任常务副书记。2019年6月,根据中南大党字〔2019〕23号《关于调整有关二级机构和岗位设置的通知》,机关党委不再与党委办公室、学校办公室合署办公。目前设专职书记(正处职)一名,下属26个党支部。